COPERNICUS besteht aus zwei Vereinen in Berlin und Hamburg zur Förderung ost-, mitteleuropäischer und zentralasiatischer Studierender. Jedes Semester werden zwischen sechs und zehn Studierende mit einem Stipendium nach Berlin oder Hamburg eingeladen. Dort nehmen die Studierenden ein Semester am Lehrbetrieb der örtlichen Universität teil und absolvieren im Anschluss ein zwei- bis dreimonatiges Praktikum in einem Unternehmen, bei einer Organisation oder einer Behörde. Die Unterbringung erfolgt überwiegend in Gastfamilien.

COPERNICUS verfolgt mit seinem Stipendienprogramm das Ziel, die Ausbildung qualifizierter ost-, mittel- und südosteuropäischer sowie zentralasiatischer Studierender zu fördern. Außerdem soll mit Hilfe dieses Programms ein Beitrag dazu geleistet werden, die persönlichen Kontakte zwischen Ost und West zu intensivieren. Zumindest in kleinem Rahmen will COPERNICUS dadurch ein Austauschforum zwischen deutschen und osteuropäischen Studierenden schaffen. Schließlich soll COPERNICUS damit zugleich zu Aufbau, Stabilisierung und Demokratisierung in postkommunistischen Ländern beitragen.